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中国科学院遗传与发育生物学研究所最早成立于1959年，在2001-2003年经由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而组成现在的研究所。目前，共有58个创新研究组，现任所长薛勇彪博士。现有职工532人，其中科技人员342人。中国科学院院士2人，研究员58人，国家杰出青年基金获得者24人，"百人计划与引进国外杰出青年人才"36人。获得3个国家基金委"创新科研群体"和2个中科院"创新团队国际合作伙伴计划"的资助。设有遗传学、发育生物学、细胞生物学、生态学和生物信息学专业硕士、博士学位培养点及博士后流动站。现有博士生导师58人。在读研究生531人（博士生350人）。在站博士后20人。
遗传发育所瞄准农业可持续发展和人口健康的国家重大战略需求，针对重要农艺性状分子机理、细胞分化与器官发育、生物分子网络、动植物品种设计以及农业资源高效利用等领域的关键科学问题，开展原始创新和集成创新研究，提出和发展具有重大影响的科学理论和概念；建立和完善动植物品种分子设计和培育的方法、重要遗传疾病研发以及农业资源高效利用的技术体系。
遗传发育所下设5个研究中心(植物基因研究中心、分子农业生物学研究中心、发育生物学研究中心、分子系统生物学研究中心和农业资源研究中心)和研究资源中心以及河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站等网络台站支撑系统；拥有植物基因组学国家重点实验室、植物细胞与染色体工程国家重点实验室、中国科学院分子发育生物学重点实验室和河北省节水农业重点实验室；是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位。
遗传发育所面向中国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、重大疾病分子机理、品种分子设计、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。
据2015年10月研究所官网显示，遗传发育所共有82个创新研究组，职工592人，在读研究生614名，其中博士生445名、硕士生169名。在站博士后115人。
服务社会 据2015年10月研究所官网显示，在植物遗传学方面，研究所率先在中国国内开展了杂种优势利用研究；率先获得了农作物花粉植株和转基因抗阿特拉津除草剂的大豆植株及后代；率先生成原生质体再生植株；通过远缘杂交、理化诱变、单倍体育种等育种新途径，特别是利用种属间远缘杂交技术培育的小麦、棉花新品种由于其优良的农艺性状给生产带来巨大的经济效益，曾多次获得国家的表彰。
在人类遗传学研究工作中，研究所成功完成人类染色体1%的测序工程；同时开展了人类群体遗传研究，建立了“中国不同民族永生细胞库”；摸索出“产前遗传性疾病诊断技术”。
在动物遗传学领域，确立了动物胚胎移植和四分胚胎技术；成功培育出了家鸡纯系与胚胎系；开创新地建立了鱼类细胞核移植技术。
在基因组研究方面，研究所率先完成了具有国际领先水平的水稻基因组“工作框架图”和第四号染色体的精细测序；在转基因研究方面，先后获得水稻、小麦、油菜、杨树等具有抗性基因的转基因植株。在植物基因功能发掘领域，显花植物自交不亲和性和植物株型形成的分子机理等研究获得了重大突破。 科研获奖 据2015年10月研究所官网显示，自2001年新的遗传发育所成立以来，该所共发表论文1910篇，其中SCI论文1055篇，总IF=3170，IF〉5（本领域重要影响力以上）的192篇，在Nature和Science杂志上发表11篇（含8篇合作）。作为基础研究水平的重要标志，论文产出数量和质量已位居中国生命科学研究机构的前列。专利授权151项（含美国专利2项）。审定农作物新品种54个，其中11各位国家审定品种。获国家及省部级奖76项。
2009-2013年，研究所新增主持各类项目/课题387项，获各类奖励24项，其中国家级奖励5项，省部级奖励15项。“小麦A基因组草图绘制” 入选“2013年中国科学十大进展”，“水稻理想株型形成的分子调控机制” 入选“2010中国科学十大进展”，“超级杂交水稻杂种优势分子机理研究”入选“2009年度中国基础研究十大新闻”。杨维才研究员主持的“被子植物有性生殖的分子机理研究” 获得2013年国家自然科学二等奖，李家洋院士及其团队“水稻高产优质性状的分子基础及其应用研究”成果获得2013年中国科学院杰出成就奖。 《中国生态农业学报》原名《生态农业研究》，1993年创刊，2001年更名。中国科学院主管，中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国生态经济学会主办，科学出版社出版。《中国生态农业学报》为中国期刊方阵双效期刊、中文核心期刊、百种中国杰出学术期刊、中国精品科技期刊、中国科技论文统计源刊、万方数据库统计源刊、中国科学引文数据库源刊和中国期刊网统计源刊、CNKI中国期刊全文数据库源刊、《中国学术期刊文摘》源刊，并被国际农业生物学文摘（CABI）、美国化学文摘（CA）、美国乌利希国际期刊指南等国际数据库及检索单位收录。荣获第三届、第四届全国农业优秀期刊一等奖和首届北方优秀期刊奖，连续三届获得河北省优秀期刊奖。
《遗传学报》是由中国科学院主管，中国遗传学会和中国科学院遗传与发育生物学研究所主办，Elsevier出版社、科学出版社联合出版的高级学术刊物，是生物学、农学、农作物类核心期刊，已被美国化学文摘（CA）、生物学文摘（BA）、医学索引（IM）、俄罗斯文摘杂志（AJ）和《中国学术期刊文摘》《生物学文摘》等27种中国国内外重要检索系统与数据库收录。
《遗传》杂志是中国遗传学会和中国科学院遗传与发育生物学研究所主办、科学出版社出版的国家级学术期刊，中文核心期刊，中国精品科技期刊。已被医学索引（MEDLINE）、生物学数据库（BIOSIS）、生物学文摘（BA）、医学索引（Medical Index）和美国化学文摘（CA）、以及俄罗斯文摘杂志（AJ）等20多种中国国内外重要检索系统与数据库收录，刊登内容主要涉及遗传学、基因组学、细胞生物学、发育生物学、生物进化、遗传工程及生物技术等领域有创新性的研究论文；新技术与新方法；学科热点问题的专论与综述；学术争鸣与讨论；遗传学教学的经验体会；中国国内外著名遗传学家介绍；遗传咨询；中国国内外学术会议信息等。
上海生科院的生化细胞所（细胞和分子生物学国内顶尖水平，新建的国家蛋白质科学中心挂靠在该所之后，结构生物学目前看也达到了国内一流水准，部分研究国际领先水平，细胞和分子生物学国际知名研究所）、
北京的遗传发育所和上海生科院的植生所（植物科学国内顶尖水平，部分研究国际领先水平，植物科学国际一流研究所）、
北京微生物所（微生物国内领先，部分研究国内顶尖水平）、
武汉病毒所（国内唯一的P4生物安全中心，有些东西只有这里能做，国内病毒学顶尖研究所）、
北京 生物物理所（结构生物学国内顶尖，部分研究国际知名）、
上海生科院神经所（神经科学国内顶尖水平，神经科学国际知名研究所）、
上海生科院营养健康所（计算生物学国内一流）、
北京基因组研究所（计算生物学国内领先）、
上海巴斯德所（原来属于生科院，现在不知道，免疫学（包括传染病等研究）国内一流，部分研究国内领先）、
上海药物所（原来也属于上海生科院，药物研发国内顶尖，但是主要是药理学、化学的东西更多，这样看不比四大化学所）、
昆明动物所和北京动物所（动物研究国内知名，个别的成果比较突出）、
上海 中科院生物与化学交叉中心（上海有机所近些年新成立的交叉中心，有机所国内顶尖，这个中心不好说，就生物学来看，目前只能算国内中上等水平，以后发展应该不差）、
北京 生态环境中心（国内生态环境类顶尖研究所）、
几大植物园（特色研究所、研究水平国内中等偏上， 研究国内知名）、
广州生物医药与健康研究院（国内知名研究院，个别方面做的还不错）
其他没提到的生物类研究所，国内中等或中等稍偏上水平，有些研究所比较有特色，比如武汉水生所、青岛海洋研究所等，有些研究所产业连接做的不错，比如天津工业生物技术研究所所产业连接做的还不错。
以上排名基本是 顶尖（清北优势或顶尖学科水平、华五顶尖学科水平）领先（C9优势学科水平、中流 或特色985顶尖学科水平）一流（普通985优势学科水平、部分211顶尖学科水平）知名（国内211优势学科水平、个别一本顶尖学科水平、中流985普通学科水平）=中上等（国内头部一本优势学科水平、部分211、985普通学科水平），当然这么概括还是比较笼统，难免有失偏颇，还望谅解。
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